אתר "סלע המחלוקת" הוא מתחם פעילות ייחודי שנבנה בפאתי נחל לוטם ליד הסניף. במקום הוקמה במה אשר משמשת כסביבת למידה ובמרכזה ניצב הסלע. על במה זו מתכנסים התלמידים לדיון ופתרון מחלוקות ברוח הסנהדרין.
הבניין הוקם בשנת 1972 עבור הכיתות התיכוניות של הסניף, ובשנת 1984 נוספה לו קומה נוספת. כיום ממוקמות בו שכבות הגיל של מרחב הנביטה: ה'-ח', אולם הספורט, מעבדת הצילום, מרכז המדעים והמעבדות, אודיטוריום, אולם ספורט, סביבות למידה, כיתות לימוד, חדר מורים, מזכירות מרחב הנביטה, חדר היועצת ומשרדיהם של מרכזי השכבות ומרכזי האשכולות.
הבניין הוקם בשנת 1962, וממוקמות בו שכבות ב' ו-ג', אולם הכינוסים הסניפי, סדנאות לאמנות וליצירה, משרדי המזכירות והנהלת המתחם, מעבדת המחשבים, חדר המורים, חדר היועצת למרחב הזריעה, חדרי התחזוקה.
הבניין הוקם בשנת 1936 עבור כיתות היסוד במרכז הכרמל. גם כיום ממוקמות בו שכבות א' ו-ב' של מרחב הזריעה של המתחם, חדר "חי-דע", המרפאה, חדר המוסיקה ומשרדה של ראש החטיבה הצעירה במרחב הזריעה (א'-ב'). מרכז החי של הסניף משולב בבניין זה.
מרכז פעילות ע"ש אביגיל לייטל ז"ל, שמרכז את כל הפעילויות הלימודיות שבהן עוסקים התלמידים בשעות הלימודים. המרכז פועל בשיתוף עם גן החיות הלימודי בחיפה ונבנה באופן אינטגרלי בין בנייני בית הספר.
בחלק התחתון של בניין זה ממוקמים: המועדונית לתלמידי מרחב הזריעה, חדר טבע של מרחב הנביטה והספרייה. בחלקו העליון של הבניין נמצא בית הכנסת.
בנוסף לגן לוטם של רשת הריאליגן, ממוקמים בקומת הקרקע של הבניין ספריית המתחם וכן מתחם הטינקרינג